(1) 環境DNA分析・解析プロトコルの確立
- 哺乳類，魚類，節足動物，軟体動物，微生物，ウイルスなどの種特異な環境DNAマーカーを効率的に作成するシステムを構築する。
- 蓄積したノウハウの権利化や構築したデータベースの一般公開と普及を進める。
- 分析によって得られる大量のDNA情報をデータベース化し，ビックデータ解析を可能とするシステムを確立する。
(2) 生態，水産，医療・衛生分野での応用研究の推進
- 生態，水産，医療・衛生分野で環境DNAを用いた先進的応用研究を実施する。
- 環境DNA分析やバイオインフォマティクスを専門とする人材を多数育成する。